Modélisation épidémiologique du COVID-19

Précisions

Ces rapports sont avant tout à des fins pédagogiques. Ils ne sauraient remplacer des instructions nationales et internationtales. En particulier, les hypothèses faites sont souvent volontairement simplificatrices pour plus de clarté.

Ce travail est réalisé par des modélisateurs et modélisatrices de l'équipe ETE du laboratoire MIVEGEC (CNRS, IRD, Université de Montpellier).

À ce jour ces travaux n'ont reçu aucun financement dédié et se veulent indépendants de toute entité publique ou privée.

Rapports

• 9 avril 2020 : Rapport 6 utilisant la phylodynamique afin de détecter des variations de vitesse de propagation de l'épidémie . Les fichiers bruts et les scripts R sont téléchargeable en format .zip


• 7 avril 2020 : Rapport 5 sur le nombre de reproduction et les limites et délais pour son estimation en France. Les fichiers bruts et les scripts R sont téléchargeable en format .zip


• 30 mars 2020 : Rapport 4 sur l'analyse phylodynamique des génomes viraux (calcul de la date d'origine en France et de son temps de doublement). Les fichiers bruts et les scripts R sont téléchargeable en format .zip


• 24 mars 2020 : Rapport 3 sur un modèle de propagation de l'épidémie de COVID-19 (calcul de R0 et illustration des mesures de contrôle). Les fichiers bruts et les scripts R sont téléchargeable en format .zip


• 17 mars 2020 : Rapport 2 sur l'immunité de groupe et la taille totale de l'épidémie (english version here). Les fichiers bruts et les scripts R sont téléchargeable en format .zip


• 14 mars 2020 : Rapport 1 sur le nombre de reproduction de base (R0) et effectif (R) de l'épidémie de COVID-19 en France (mis à jour le 31 mars). Les fichiers bruts et les scripts R sont téléchargeable en archive .zip

Logiciels

• Un simulateur d'épidémie (COVIDSIM) permettant de visualiser l'effet de différentes stratégies de contrôle, avec des variations de durée et d'intensité.

Travaux scientifiques

• [preprint] Ramsès Djidjou-Demasse, Yannis Michalakis, Marc Choisy, Mircea T. Sofonea, Samuel Alizon (2020, medRxiv) Optimal COVID-19 epidemic control until vaccine deployment [PDF]

Quelques liens utiles sur l'épidémiologie et l'évolution du COVID-19

• Visualisation officielle de l'épidémie en France sur le site du gouvernement.


• Données de Santé Publique France avec représentation géographique.


• Données épidémiologiques françaises relatives à l'épidémie de COVID-19.


• Visualiser l'épidémie au niveau mondial grâce à un groupe de l'Université John Hopkins


• Compilation de données épidémiologiques détaillées par le consortium MIDAS.


• Rapports du groupe de modélisation d'Imperial College affilié à l'OMS.


• Des modèles et analyses du Centre for the Mathematical Modelling of Infectious Diseases à la London School of Hygiene & Tropical Medicine, avec un suivi régulier des variations de transmission du COVID-19 dans differents pays.


• Une application permettant de simuler des scénarios épidémiques conçue par Alison Hill.


• Nextstrain : des analyses de phylogénies presque en temps réel.


• Analyses et discussions de phylodynamique.

L'équipe

Le groupe de modélisation de l'équipe ETE est composée de Samuel Alizon, Thomas Bénéteau, Marc Choisy, Gonché Danesh, Ramsès Djidjou-Demasse, Baptiste Elie, Yannis Michalakis, Bastien Reyné, Quentin Richard, Christian Selinger, Mircea Sofonea.


N'hésitez pas à nous contacter pour nous signaler toute imprécision ou pour toute question de modélisation !