Samuel Alizon

Directeur de recherche au CNRS et exploiteur directeur d'équipe. Théoricien en écologie et évolution specialisé dans l'étude des maladies infectieuses, avec un intérêt pour les parasites humains tels que le VIH, le virus de l'hépatite C, le paludisme, ébola, les papillomavirus humains (HPV), ou le SARS-Cov-2.


Gonché Danesh

Ingénieure de recherche en phylodynamique et analyse génomique des virus humains.

Auriane Rousselle

Stagiaire de dernière année de l'IPSA travaillant sur la modélisation des infections HPV.

Başak Uysal

Doctorante financée par la FHU InCh sur la métagénomique du microbiote vaginal (co-encadrants : Vincent Foulongne et Nicolas Tessandier).

Thomas Beneteau

Doctorant financé par la Ligue contre le Cancer sur la modélisation des cancers HPV (co-encadrants : Mircea Sofonea et Christian Selinger).

Vanina Boué

Ingénieure en techniques biologiques (projet EVOLPROOF).

Baptiste Elie

Doctorant financé par l'ENS Paris Saclay sur la modélisation des politiques de vaccination en épidémiogie (co-encadrant : Nacho Bravo et Vincent Foulongne).

Olivier Supplisson

Doctorant financé par l'ANRS-MIE sur la modélisation des herpèsvirus en France (co-encadrants : Mircea Sofonea et Sonia Burrel).

Nicolas Tessandier

Chercheur post-doctorant ANRS-MIE travaillant sur en immunologie des infections HPV.

Bastien Reyné

Doctorant financé par l'Université de Montpellier sur la modélisation des politiques de vaccination en épidémiogie (co-encadrants : Christian Selinger et Mircea Sofonea).

Tsukushi Kamiya

Chercheur post-doctorant FRM travaillant sur la dynamique du microbiote vaginal.

Valérie Noël

Ingénieure d'étude CNRS en bioinformatique.

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Évadé·e·s


Post-doctorant-e-s

Matthew Hartfield

Chercheur post-doctorant ATIP-Avenir (2012-2014) sur la dynamique évolutive des virus. Actuellement Research Fellow à Edimbourg (GB).

Carmen Lía Murall

Chercheuse post-doctorante ERC sur l'écologie et l'évolution des papillomavirus (2015-2018). Actuellement chercheuse post-doctorante à Montréal.

Christian Selinger

Chercheur post-doctorant ERC en biostatistiques, génomique et épidémiologie (2017-2019). Actuellement Chargé de Recherche à l'IRD.



Doctorant·e·s

Mircea Sofonea

Doctorant ENS (2014-2017) sur l'évolution de la virulence et les infections multiples co-encadré avec Yannis Michalakis. Actuellement Maître de Conférences à l'Université de Montpellier.

Emma Saulnier

Doctorante PEPS (2013-2017) sur la phylodynamique virale co-encadrée avec Olivier Gascuel. Actuellement Data Scientist à Toulouse.


Jérôme Bourret

Doctorant de l'Université de Montpellier (2017-2020) sur le biais d'usage des codons co-encadré avec Nacho Bravo. Actuellement post-doctorant dans l'équipe d'Étienne Simon-Lorière à Paris.

Gonché Danesh

Doctorante de la Fondation pour la Recherche Médicale (2017-2021) sur la phylodynamique du VIH et des virus co-infectants (co-encadrant : Marc Choisy). Actuellement ingénieure de recherche au CNRS à Montpellier.



Étudiant·e·s

Mathieu Moslonka-Lefebvre

Stage de M2 à l'ETH (2009) sur épidémiologie et réseaux (co-encadrant : Sebastian Bonhoeffer).

Susan V. Cousineau

Stage de M2 MEME (2011-2012) sur la modélisation de l'effet de l'hétérogénéités entre les sexes sur l'évolution de la virulence.

Eileen Rebecca Butterfield

Stage de M2 MEME (2011-2012) sur la modélisation de l'évolution de la résistance et de la tolerance (co-encadrant : Yannis Michalakis).

Jessica Abbate

Doctorante financée par une bourse Chateaubriand (2011) sur la modélisation de l'épidémiologie de pathogènes de Silènes.

Guilhem Heinrich

Stage de M2 MSA (2012) sur la phylodynamique (co-encadrant : Olivier Gascuel).

Eugene Geidelberg

Stages de M1 et de M2 MEME (2014-2015) sur l'évolution de la résistance aux anti-rétroviraux par le VIH avec des modèles emboîtés.

Tsukushi Kamiya

Stage de M2 MEME (2014) sur la co-évolution entre immunosuppression et virulence.

Lafi Aldakak

Stage de M1 MEME (2015) sur l'évolution de la virulence du virus Ebola (co-encadrant : Mircea Sofonea).

Yağmur E. Erten

Stage de M2 MEME (2015) sur l'évolution de la virulence en environnement hétérogène (co-encadrant : Sébastien Lion).

Gonché Danesh

Stage de M1 Sciences & Numérique pour la Santé (2016) sur la phylodynamique (co-encadrante : Emma Saulnier).

Diede de Haan

Stage de M1 MEME (2016) sur la génomique des virus (co-encadrant : Nacho Bravo).

Luis F. V. V. Boullosa

Stage de M1 MEME (2016) sur la modélisation de l'évolution de la virulence (co-encadrant : Mircea Sofonea).

Stefano Tiso

Stage de M1 MEME (2017) sur l'évolution de la diversité des HPV (co-encadrante : Carmen Lía Murall).


Camille Mayeux

Stage de M1 B2E (2018) sur l'épidémiologie des HPV (co-encadrant : Nacho Bravo).

Dorian Vlaeminck

Stage de M1 Physique et ingéniérie du vivant (2019) sur la modélisation d'épidémies de grippe sur réseaux (co-encadrant : Christian Selinger).

Mahé Liabeuf

Stage de L2 (2019) sur la phylodynamique (co-encadrante: Gonché Danesh).

Julien Lombard

Stage de M1 MODE (2019) sur la modélisation des coinfections (co-encadrants : Mircea Sofonea et Ramsès Djidjou-Demasse).

Thomas Bénéteau

Stage de M2 MDV (2019) sur la modélisation de la dynamique intra-cellulaire des HPV (co-encadrants : Mircea Sofonea et Christian Selinger).

Dennis Lopez

Stage de M1 Biologie santé (microbiologie et immunologie) (2019) sur les infections HPV chez les jeunes femmes.

Afra Salazar

Stage de M1 MEME (2020) sur la modélisation de l'évolution de la période asymptomatique.

Baptiste Elie

Stage de M2 EBE (2020) sur les effets mémoire en épidémiologie (co-encadrant : Christian Selinger).

Jean Pachebat

Stagiaire de Télécom Paris (2020) sur l'analyse des séries temporelles de COVID-19 (co-encadrant : Christian Selinger).

Quentin Chaung

Stage de licence ENS Cachan (2021) sur l'analyse de données de l'étude PAPCLEAR (co-encadrant : Nicolas Tessandier).

Louis Colliot

Stage de M1 de l'Université de Lille (2022) sur la phylodynamique et le concours PANGEA (co-encadrante : Gonché Danesh).



Technicien·ne·s et Ingénieur·e·s

Corentin Boennec

Ingénieur en sciences des données travaillant sur la COVID-19 (2020-2021). Maintenant doctorant à Toulouse.

Massilva Rahmoun

Ingénieure CNRS (2014-2020) en recherche clinique et en immunologie (projet EVOLPROOF).

Claire Bernat

Ingénieure sur le projet EVOLPROOF (2017-2018). Maintenant ingénieure d'études au CNRS à l'IGF à Montpellier.

Sophie Grasset

TRC sur le projet EVOLPROOF (2018-2020). Maintenant TRC au CHU de Montpellier.

Soraya Groc

TEC sur le projet EVOLPROOF (2018-2020). Maintenant TEC au CHU de Montpellier.

Gaëtan Peris

Ingénieur d'étude en informatique sur le projet EVOLPROOF (2016). Maintenant en CDI chez GFI.

Mélanie Pélissou

Technicienne en techniques biologiques sur le projet EVOLPROOF (2017-2018). Maintenant en poste chez ID.vet.

Matthieu Jung

Ingénieur de recherche en informatique sur le projet PEPS (2012). Maintenant IR au CNRS à Strasbourg à l'IGBMC.