Directeur de recherche au CNRS et exploiteur directeur d'équipe. Théoricien en écologie et évolution specialisé dans l'étude des maladies infectieuses humaines (notament le VIH, les papillomavirus humains (HPV), ou le SARS-Cov-2) ainsi que des liens entre microbiote vaginal et santé des femmes.
Doctorant financé par dim1health sur le machine learning en phylodynamique (co-directeur : Laurent Jacob).
Doctorant financé par l'ANRS-MIE sur la modélisation des herpèsvirus en France (co-directeurs : Mircea Sofonea et Sonia Burrel).
Doctorant financé par le Sidaction sur la modélisation de la transmission du VIH en France à l'aide d'approches de phylodynamique (co-directrice : Laurence Meyer).
Doctorant financé par l'ED Sciences du Vivant de PSL sur la métagénomqiue du microbiote vaginal (co-directeur : Laurent Jacob).
Ingénieure d'étude CNRS en bioinformatique.
Doctorante financé par l'ED Sciences du Vivant de PSL sur la modélisation de l'évolution de l'antibiorésistance (directeur de thèse : François Blanquart).
Stage de L3 de la licence MPCI à l'AMU sur la simulation et l'analyse de phylogénies d'infections.
Chercheur post-doctorant ATIP-Avenir (2012-2014) sur la dynamique évolutive des virus. Actuellement Research Fellow à Edimbourg (GB).
Chercheuse post-doctorante ERC sur l'écologie et l'évolution des papillomavirus (2015-2018). Actuellement chercheuse à Santé Publique Canada à Montréal.
Chercheur post-doctorant ERC en biostatistiques, génomique et épidémiologie (2017-2019). Actuellement senior post-doc à Bâle (Suisse).
Chercheur post-doctorant FRM travaillant sur la dynamique du microbiote vaginal (2021-2024). Maintenant épidémiologiste en santé publique en Irlande.
Chercheuse post-doctorante travaillant sur le projet ANR CUPS2 (2023-2024). Actuellement en recherche de post-doctorat au Canada
Chercheur post-doctorant ANRS-MIE travaillant sur en immunologie des infections HPV (2021-2024). Actuellement chercheur indépendant à Montpellier.
Doctorant ENS (2014-2017) sur Évolution de la virulence et infections multiples co-encadré avec Yannis Michalakis. Actuellement Maître de Conférences à l'Université de Montpellier.
Doctorante PEPS (2013-2017) sur Phylodynamique des pathogènes viraux par calcul bayésien approché co-encadrée avec Olivier Gascuel. Actuellement référente big data à l'URSSAF.
Doctorant de l'Université de Montpellier (2017-2020) sur Mesurer et comprendre le biais d’usage des codons : du recueil des applications à l’évolution des paralogues et des polyomavirus avec comme directeur principal Nacho Bravo. Actuellement ingénieur de recherche à l'Institut Pasteur à Paris.
Doctorante de la Fondation pour la Recherche Médicale (2017-2021) sur Phylodynamique des virus évoluant rapidement : approches par calcul bayésien approché et par vraisemblance co-encadrée avec Marc Choisy. Actuellement ingénieure informatique dans le Groupe D & S.
Doctorante financée par la FHU InCh (2020-2023) sur L'impact des infections par le virus de l'herpès simplex et du papillomavirus, et les types de produits menstruels sur la santé des femmes co-encadrée avec Vincent Foulongne et Nicolas Tessandier.
Doctorant financé par la Ligue contre le Cancer (2019-2023) sur Modélisation multi-échelle de la persistance des infections virales humaines : approches stochastiques et statistiques co-encadré avec Mircea Sofonea et Christian Selinger.
Doctorant financé par l'Université de Montpellier (2020-2023) sur Apports et application de formalismes non-markoviens en épidémiologie : l'épidémie de SARS-CoV-2 comme exemple co-encadré avec Christian Selinger et Mircea Sofonea.
Doctorant financé par l'ENS Paris Saclay sur Modélisation multiniveau des infections virales: combiner les approches expérimentales et statistiques co-encadré avec Nacho Bravo et Vincent Foulongne.
Stage de M2 à l'ETH (2009) sur épidémiologie et réseaux (co-encadrant : Sebastian Bonhoeffer).
Stage de M2 MEME (2011-2012) sur la modélisation de l'effet de l'hétérogénéités entre les sexes sur l'évolution de la virulence.
Stage de M2 MEME (2011-2012) sur la modélisation de l'évolution de la résistance et de la tolerance (co-encadrant : Yannis Michalakis).
Doctorante financée par une bourse Chateaubriand (2011) sur la modélisation de l'épidémiologie de pathogènes de Silènes.
Stage de M2 MSA (2012) sur la phylodynamique (co-encadrant : Olivier Gascuel).
Stages de M1 et de M2 MEME (2014-2015) sur l'évolution de la résistance aux anti-rétroviraux par le VIH avec des modèles emboîtés.
Stage de M2 MEME (2014) sur la co-évolution entre immunosuppression et virulence.
Stage de M1 MEME (2015) sur l'évolution de la virulence du virus Ebola (co-encadrant : Mircea Sofonea).
Stage de M2 MEME (2015) sur l'évolution de la virulence en environnement hétérogène (co-encadrant : Sébastien Lion).
Stage de M1 Sciences & Numérique pour la Santé (2016) sur la phylodynamique (co-encadrante : Emma Saulnier).
Stage de M1 MEME (2016) sur la génomique des virus (co-encadrant : Nacho Bravo).
Stage de M1 MEME (2016) sur la modélisation de l'évolution de la virulence (co-encadrant : Mircea Sofonea).
Stage de M1 MEME (2017) sur l'évolution de la diversité des HPV (co-encadrante : Carmen Lía Murall).
Stage de M1 B2E (2018) sur l'épidémiologie des HPV (co-encadrant : Nacho Bravo).
Stage de M1 Physique et ingéniérie du vivant (2019) sur la modélisation d'épidémies de grippe sur réseaux (co-encadrant : Christian Selinger).
Stage de L2 (2019) sur la phylodynamique (co-encadrante: Gonché Danesh).
Stage de M1 MODE (2019) sur la modélisation des coinfections (co-encadrants : Mircea Sofonea et Ramsès Djidjou-Demasse).
Stage de M2 MDV (2019) sur la modélisation de la dynamique intra-cellulaire des HPV (co-encadrants : Mircea Sofonea et Christian Selinger).
Stage de M1 Biologie santé (microbiologie et immunologie) (2019) sur les infections HPV chez les jeunes femmes.
Stage de M1 MEME (2020) sur la modélisation de l'évolution de la période asymptomatique.
Stage de M2 EBE (2020) sur les effets mémoire en épidémiologie (co-encadrant : Christian Selinger).
Stagiaire de Télécom Paris (2020) sur l'analyse des séries temporelles de COVID-19 (co-encadrant : Christian Selinger).
Stage de licence ENS Cachan (2021) sur l'analyse de données de l'étude PAPCLEAR (co-encadrant : Nicolas Tessandier).
Stage de M1 de l'Université de Lille (2022) sur la phylodynamique et le concours PANGEA (co-encadrante : Gonché Danesh).
Stage dans le cadre du master IMaLiS (2023) sur l'évolution intra-hôte des HPV (co-encadrante : Gonché Danesh).
Stage de M2 du master MVA (2023) sur la phylodynamique (encadrant principal : Laurent Jacob).
Stagiaire de M1 du master ISPED (2023) travaillant sur l'analyse des vagues épidémies de COVID-19 en Europe (co-encadrant : Olivier Supplisson).
Stagiaire de dernière année de l'IPSA (2023) travaillant sur la modélisation des infections HPV.
Stagiaire de M2 IMaLiS (2024) sur l'analyse métagénomique du microbiote vaginal.
Élève de l'ENS en stage d'immersion expérimentale (2024).
Ingénieure en techniques biologiques (projet EVOLPROOF) (2018-2023).
Ingénieur en sciences des données travaillant sur la COVID-19 (2020-2021). Maintenant doctorant à Toulouse.
Ingénieure CNRS (2014-2020) en recherche clinique et en immunologie (projet EVOLPROOF).
TRC sur le projet EVOLPROOF (2018-2020). Maintenant TRC au CHU de Montpellier.
TEC sur le projet EVOLPROOF (2018-2020). Maintenant TEC au CHU de Montpellier.
Ingénieure sur le projet EVOLPROOF (2017-2018). Maintenant ingénieure d'études au CNRS à l'IGF à Montpellier.
Ingénieur d'étude en informatique sur le projet EVOLPROOF (2016). Maintenant en CDI chez GFI.
Technicienne en techniques biologiques sur le projet EVOLPROOF (2017-2018). Maintenant en poste chez ID.vet.
Ingénieur de recherche en informatique sur le projet PEPS (2012). Maintenant IR au CNRS à Strasbourg à l'IGBMC.
