Nos recherchent portent sur la santé, en particulier la santé humaine et en général en lien avec les maladies infectieuses. L'originalité est que nous abordons ces questions avec les concepts et outils issus des sciences de l'écologie et de l'évolution. Une des raisons à cela est que beaucoup d'outils utilisés en épidémiologie par exemple proviennet à l'origine de la dynamique des populations. Une autre raison est que les microbes évoluent rapidement, ce qui affecte la manière dont ils se propagent et donc les stratégies pour les contrôler. Le but des médecins est de guérir mais celui des scientifiques est de comprendre. C'est pourquoi nous aimons nous poser des questions assez ésotériques telles que “Pourquoi les parasites nuisent-ils à leurs hôtes ?”
Ci-dessous une liste de projets de recherche qui sont actifs (indiqué comme étant en cours) et de ceux qui le sont moins. La description détaillée des projets est en anglais.
Genomique du microbiote vaginal en particulier dans le contexte des IST (en cours).
Analyser les génomes viraux afin de comprendre la manière dont ils se propagent en utilisant des approches d'apprentissage profond (en cours).
Utilisation de tests de dépistages pour analyser la propagation et la biologie de virus humains, notamment des IST (en cours).
Nous utilisons des approches de modélisation mathématique et statistiques pour analyser la pandémie de COVID-19.
Étudier l'écologie intra-hôte et l'épidémiologie évolutive des papillomavirus humains (HPV) afin de déterminer si les vaccins sont “evolution-proof”.
Utiliser la modélisation mathématiques et des concepts d'écologie et d'évolution pour comprendre le rôle de la stochasticité dans les cancers causés par les HPVs.
Nous étudions comment les réseaux de contacts entre hôtes façonnent la propagation des infections.
Les hôtes sont souvent “co-infectés” par plus d'une seule souche (voire même espèce) de parasite et ceci affecte grandement l'expression et l'évolution de la virulence.
Pour de nombreux parasites, le maintien de la virulence est intriguante car cela semble souvent diminuer la fitness d'un parasite au niveau épidémiologique.
L'émergence de nouvelles souches de parasites est un processus stochastique (c'est-à-dire aléatoire) car par définition il met en jeu des petites tailles de populations. Nous étudions l'interaction entre l'épidémiologie et l'évolution des parasites pour comprendre ces dynamiques.
Bien des traits d'une infection sont contrôlés par le parasite et sont donc “héritables” d'une infection à la suivante. Nous utilisons des phylogénies pour estimer cette héritabilité.
