L'évolution des parasites entre rarement en compte dans les décisions de santé publique, pourtant nous (ainsi que beaucoup d'autres) pensons que cette évolution est la clé pour définir des stratégies robustes. Une des difficultés, qui explique un peu cet état des lieux assez inquiétant, est que l'épidémiologie et l'évolution doivent être étudiées de concert. En effet, l'évolution modifie la façon dont les parasites se propagent, et en retour l'épidémiologie façonne les pressions de sélection subies par les parasites. Le but des médecins est de guérir mais celui des scientifiques est de comprendre. C'est pourquoi nous aimons nous poser des questions assez ésotériques telles que “Pourquoi les parasites nuisent-ils à leurs hôtes ?”
Ci-dessous une liste de projets de recherche qui sont actifs, moins actifs ou en veille. La description détaillée des projets est en anglais.
Analyser les génomes microbiens afin de comprendre la manière dont ils se propagent en utilisant des approches simulatoires (Calcul Bayésien Approché).
Étudier l'écologie intra-hôte et l'épidémiologie évolutive des papillomavirus humains afin de déterminer si les vaccins sont “evolution-proof”.
Utiliser la modélisation mathématiques et des concepts d'écologie et d'évolution pour comprendre le rôle de la stochasticité dans les cancers causés par les HPVs.
Nous utilisons des approches de modélisation mathématique et statistiques pour analyser la pandémie de COVID-19.
Genomique du microbiote vaginal avec un focus sur les virus et les plasmides.
Les hôtes sont souvent “co-infectés” par plus d'une seule souche (voire même espèce) de parasite et ceci affecte grandement l'expression et l'évolution de la virulence.
Nous utilisons des dépistages d'anticorps dans le sang pour explorer l'épidémiologie et la biologie de virus humains.
Nous étudions comment les réseaux de contacts entre hôtes façonnent la propagation des infections.
Pour de nombreux parasites, le maintien de la virulence est intriguante car cela semble souvent diminuer la fitness d'un parasite au niveau épidémiologique.
L'émergence de nouvelles souches de parasites est un processus stochastique (c'est-à-dire aléatoire) car par définition il met en jeu des petites tailles de populations. Nous étudions l'interaction entre l'épidémiologie et l'évolution des parasites pour comprendre ces dynamiques.
Bien des traits d'une infection sont contrôlés par le parasite et sont donc “héritables” d'une infection à la suivante. Nous utilisons des phylogénies pour estimer cette héritabilité.
