Écologie et évolution
des maladies infectieuses

L'évolution des parasites entre rarement en compte dans les décisions de santé publique, pourtant nous (ainsi que beaucoup d'autres) pensons que cette évolution est la clé pour définir des stratégies robustes. Une des difficultés, qui explique un peu cet état des lieux assez inquiétant, est que l'épidémiologie et l'évolution doivent être étudiées de concert. En effet, l'évolution modifie la façon dont les parasites se propagent, et en retour l'épidémiologie façonne les pressions de sélection subies par les parasites. Le but des médecins est de guérir mais celui des scientifiques est de comprendre. C'est pourquoi nous préférons nous poser des questions fondamentales telles que “Pourquoi les parasites nuisent-ils à leurs hôtes ?”

Ci-dessous une liste de projets de recherche qui sont actifs, moins actifs ou en veille. La description détaillée des projets est en anglais.




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EVOLPROOF

Étudier l'écologie intra-hôte et l'épidémiologie évolutive des papillomavirus humains afin de déterminer si les vaccins sont “evolution-proof”.

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Infections multiples

Les hôtes sont souvent “co-infectés” par plus d'une seule souche (voire même espèce) de parasite et ceci affecte grandement l'expression et l'évolution de la virulence.

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PHYLOEPID

Dans le cas des parasites évoluant rapidement (tels que les virus ARN), la manière dont ils se propagent laisse des empreintes dans leurs génomes. Nous utilisons des méthodes ABC pour inférer des paramètres épidémiologiques à partir de formes de phylogénies.

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Évolution de la virulence

Pour de nombreux parasites, le maintien de la virulence est intriguante car cela semble souvent diminuer la fitness d'un parasite au niveau épidémiologique.

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Héritabilité des traits d'infection

Bien des traits d'une infection sont contrôlés par le parasite et sont donc “héritables” d'une infection à la suivante. Nous utilisons des phylogénies pour estimer cette héritabilité.

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Émergence évolutive

L'émergence de nouvelles souches de parasites est un processus stochastique (c'est-à-dire aléatoire) car par définition il met en jeu des petites tailles de populations. Nous étudions l'interaction entre l'épidémiologie et l'évolution des parasites pour comprendre ces dynamiques.

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Soutiens présents (ou passés) :
CNRS     IRD     UM   ATIP-Avenir   ERC